东安区、阳明区、爱民区、西安区。截至2019年4月，牡丹江市辖4个区、5个县级市、1个县。分别是：绥芬河市、海林市、宁安市、穆棱市、东宁市、林口县、东安区、西安区、爱民区、阳明区。

1、东安区

位于牡丹江市区东南部，东经129°62′－130°53′，北纬44°58′－45°02′。区境东与阳明区、穆棱市接壤；南与宁安市相连；西以太平路为界与西安区相临；北以滨绥铁路与爱民区为界，是全市中心城区。

行政区域面积294.2平方公里，城区面积5.2平方公里。截止2013年，东安区辖1个镇、4个街道、17个行政村、23个社区。

2、西安区

地处黑龙江省牡丹江市城区西南部，东与东安区毗邻，西部、南部与宁安、海林市接壤，北与爱民区隔道相望。距省会城市哈尔滨300公里，距东宁口岸230公里、绥芬河口岸165公里。全区总面积445平方公里。截至2014年，西安区辖6个街道、1个镇和1个民族乡。

3、绥芬河市

位于黑龙江省东南部，地理坐标为北纬44°23'，东经131°9'，东与俄罗斯远东最发达的滨海边疆区接壤，边境线长27.5公里，绥芬河市处于东北亚经济圈的中心地带，是中国通往日本海的陆路贸易口岸之一。辖区面积460平方公里，下辖绥芬河镇、阜宁镇。

4、东宁市

位于黑龙江省最东南部，属牡丹江市所辖的边境县级市，南与吉林省相邻，东与俄罗斯接壤，北与穆棱市和牡丹江市毗邻，西与宁安市搭界。总面积7139平方公里。截至2015年，东宁市辖5个镇、1个民族镇：东宁镇、绥阳镇、老黑山镇、大肚川镇、道河镇、三岔口朝鲜族镇。